Mulder og Scully har sammen nådd et nivå av varig berømmelse som kan sammenlignes med The X-Files selv. Kjemien deres skapte et av TVs mest virkningsfulle prosessdramaer, og utløste en dialog mellom tro og vitenskap som senere serier som Lost og The Leftovers ville føre videre.
Fremfor alt fungerte David Duchovnys skildring av Mulder som ryggraden i serien; hans urokkelige søken etter «sannheten» fødte ikke bare X-Files, men opprettholdt også enheten midt i utbredt tvil fra FBI. Ved avslutningen av sesong syv virket han uløselig knyttet til The X-Files.
Fra og med sesong åtte trakk Duchovny seg gradvis tilbake fra serien, slik at treffet fortsatte i hans fravær. Bemerkelsesverdig nok falt ikke The X-Files inn i kategorien programmer som kollapser uten deres ledelse. Gillian Andersons Scully blomstret uavhengig, og serien la til to friske ansikter, som ytterligere demonstrerte at The X-Files kunne holde ut uten Mulder.
Dette betyr ikke at de påfølgende sesongene var feilfrie. Komplikasjonene stammet fra at Duchovny og Mulder ikke fullstendig kuttet båndene til serien. Selv om opptredenene hans avtok i sesong ni, dvelte Mulders skygge over fortellingen, og forhindret det nye ensemblet i å etablere seg fullt ut.
X-Files trivdes under ledelse av Doggett og Reyes
Ettersom nettet av konspirasjoner rundt Mulder og Scully ble stadig mer sammenfiltret og farlig, var hjørnesteinen i deres partnerskap deres urokkelige tillit til hverandre. Å bygge det samme nivået av selvtillit med en nykommer ble det primære hinderet for JohnDoggett, som gikk inn som Scullys partner etter Mulders forsvinning på slutten av sesong7.
Doggett fikk ikke bare sin plass som en pålitelig alliert, men han avslørte også en frisk, overbevisende fasett av Scully. Mens han hadde full tro på hennes dømmekraft og ofte gikk med magen hennes, slet han gjentatte ganger med å forstå de overnaturlige aspektene ved undersøkelsene deres. Dette tvang Scully til å innta en "Mulder-lignende" holdning, og forsvarte de mer irrasjonelle forklaringene.
Ved å snu Scullys vanlige rolle opprettholdt TheX-Files sin delikate blanding av tvil og tro uten å bare sette inn en Mulder-kopi. Da Mulder og Doggett endelig krysset veier, kunne Scully oppriktig bekrefte: «Agent Doggett er upåklagelig.
Selv om Scullys del skiftet til en uforklarlig rådgivende kapasitet for Doggett og hans nye lagkamerat, Monica Reyes, demonstrerte serien sin evne til å fullstendig omstrukturere kjerneduoen til *The X-Files* samtidig som den essensielle ånden i programmet bevares.
Doggett og Reyes delte et sammenlignbart grunnlag for gjensidig tillit, men de hadde en mer omfattende delt fortid enn Mulder og Scully gjorde, noe som gjorde deres fortsatte tilstedeværelse like viktig som *The X-Files*' første paring. Videre introduserte Reyes en ny vinkel på det overnaturlige, og sørget for at serien forble levende på tampen av det opprinnelige løpets avsluttende sesong.
Reyes unngikk en binær tilnærming til henvendelsene deres. Hun håndterte hver sak etter hvert som den oppsto, basert på bevis og instinkt, som noen ganger pekte mot en paranormal årsak og andre ganger ikke gjorde det. Hennes mottakelighet tvang Doggett til å utvide sitt eget syn, og samarbeidet deres på X-Files var en streben fri fra ego, personlige agendaer eller behovet for å bevise et poeng.
På et personlig nivå integrerte Scully sømløst i kjemien deres, og skapte en trio som fungerte bemerkelsesverdig godt. Denne versjonen av *The X-Files* hadde potensialet til å fortsette i en rekke ekstra sesonger, var det ikke for Mulders periodiske returer som forstyrret momentumet deres og nødvendiggjorde en rask løsning på seriens sentrale "mytharc".
Mulder var ikke alltid en ressurs for X-Files
Sammenkoblingen av Scully og Doggett avslørte umiddelbart de uprofesjonelle elementene i dynamikken mellom Scully og Mulder. For eksempel tilbrakte Scully syv år uten skrivebord, noe Mulder knapt registrerte selv når Scully påpekte det for ham. Derimot tok det bare Doggett en håndfull episoder for å spørre Scully hvor hun satt.
Ved å posisjonere Scully som teamets primære troende i Mulders sted, illustrerte serien også hvordan begge agentene provoserte hverandres mer konfronterende egenskaper innenfor deres spesifikke roller. Scully og Doggett fremsto som ekte partnere, og mens Doggett ofte ga etter for Scullys dømmekraft, så dette ut til å stamme fra hans egen vilje i stedet for å bli pålagt Scully, som ofte ble overlatt til å styre Mulders konstante ignorering av protokollen.
I "Roadrunners", en tidlig episode av sesong 8, forfulgte Scully impulsivt en ledelse alene, og holdt Doggett uinformert, for senere å kreve hans inngripen for å finne henne og redde livet hennes. Dette speilet det nøyaktige oppførselsmønsteret Mulder viste gjentatte ganger i løpet av de første syv sesongene av The X-Files; men etter å ha begått denne feilen bare én gang, ba Scully Doggett om unnskyldning og garanterte at den ikke ville gjenta seg.
Den gjensidige respekten og profesjonelle relasjonen mellom Scully og Doggett viste seg å være langt mer fordelaktig for undersøkelsene deres enn den dype personlige intimiteten som utviklet seg mellom Mulder og Scully.
Når det gjelder seriens generelle kvalitet, satte Mulders sporadiske tilbakekomster i sesong 8 og 9 effektivt fortellingene til Doggett og Reyes på sidelinjen, da The X-Files forsøkte å presse en hel sesongs historie inn i de begrensede øyeblikkene Mulder var på skjermen. Dette problemet ble spesielt tydelig i vekkelsessesongene, som stort sett ignorerte det solide grunnlaget showet hadde lagt med sine nyere hovedroller.
Doggett er helt fraværende fra The X-Files sesong 10 og 11, og Reyes blir redusert til en kort cameo der hun blir tvunget til å alliere seg med Cigarette Smoking Man – en historie som undergraver hennes etablerte styrke og moralske kjerne. Serien feiret i stedet David Duchovnys tilbakekomst på heltid, selv om hans tilstedeværelse etter en så lang separasjon ikke lenger hadde samme tyngde som den en gang gjorde for The X-Files.
