Mulder e Scully juntos alcançaram um nível de fama duradoura comparável ao próprio Arquivo X. A química deles forjou um dos dramas processuais mais impactantes da televisão, desencadeando um diálogo entre fé e ciência que séries posteriores como Lost e The Leftovers levariam adiante.
Acima de tudo, a interpretação de Mulder por David Duchovny serviu como a espinha dorsal da série; a sua busca inabalável pela “verdade” não só deu origem aos Ficheiros X, como também sustentou a unidade no meio de dúvidas generalizadas por parte do FBI. No final da sétima temporada, ele parecia inextricavelmente ligado ao Arquivo X.
A partir da oitava temporada, Duchovny recuou gradualmente da série, permitindo que o sucesso continuasse em sua ausência. Notavelmente, o Arquivo X não se enquadra na categoria de programas que entram em colapso sem a sua liderança. A Scully de Gillian Anderson floresceu de forma independente, e a série adicionou duas caras novas, demonstrando ainda que Arquivo X poderia durar sem Mulder.
Isso não significa que as temporadas subsequentes foram perfeitas. As complicações resultaram do fato de Duchovny e Mulder não terem rompido totalmente os laços com a série. Mesmo com suas aparições diminuindo na nona temporada, a sombra de Mulder permaneceu sobre a narrativa, impedindo que o novo conjunto se estabelecesse completamente.
Os Arquivos X prosperaram sob a administração de Doggett e Reyes

À medida que a teia de conspirações em torno de Mulder e Scully se tornava cada vez mais emaranhada e perigosa, a pedra angular da sua parceria era a confiança inabalável um no outro. Construir o mesmo nível de confiança com um recém-chegado tornou-se o principal obstáculo para JohnDoggett, que assumiu o papel de parceiro de Scully após o desaparecimento de Mulder no final da 7ª temporada.
Doggett não apenas conquistou seu lugar como um aliado confiável, mas também revelou uma faceta nova e atraente de Scully. Embora ele depositasse total fé em seu julgamento e muitas vezes seguisse seu instinto, ele lutou repetidamente para compreender os aspectos sobrenaturais de suas investigações. Isso forçou Scully a assumir uma postura “semelhante à de Mulder”, defendendo as explicações mais irracionais.
Ao inverter o papel habitual de Scully, Arquivo X manteve sua delicada mistura de dúvida e crença sem simplesmente inserir uma cópia de Mulder. No momento em que Mulder e Doggett finalmente se cruzaram, Scully pôde afirmar genuinamente: “O Agente Doggett está além de qualquer suspeita.
Embora o papel de Scully tenha mudado para uma função consultiva inexplicável para Doggett e sua nova companheira de equipe, Monica Reyes, a série demonstrou sua capacidade de reestruturar totalmente a dupla principal de *Arquivo X*, preservando o espírito essencial do programa.
Doggett e Reyes compartilhavam uma base comparável de confiança mútua, mas possuíam um passado compartilhado mais extenso do que Mulder e Scully, tornando sua presença contínua tão vital quanto o emparelhamento inicial de *Arquivo X*. Além disso, Reyes introduziu um novo ângulo sobre o sobrenatural, garantindo que a série permanecesse vibrante na véspera da temporada final da temporada original.
Reyes evitou uma abordagem binária em suas investigações. Ela cuidava de cada caso à medida que surgiam, confiando em evidências e no instinto, que ocasionalmente apontavam para uma causa paranormal e outras vezes não. A receptividade dela obrigou Doggett a ampliar sua própria visão, e a colaboração deles nos Arquivos X foi uma busca livre de ego, agendas pessoais ou da necessidade de provar um ponto de vista.
Em um nível pessoal, Scully integrou-se perfeitamente à química deles, criando um trio que funcionou notavelmente bem. Esta versão de *Arquivo X* tinha o potencial de continuar por inúmeras temporadas adicionais, se não fosse pelos retornos intermitentes de Mulder que perturbaram seu ímpeto e exigiram uma resolução rápida para o "mytharc" central da série.
Mulder nem sempre foi um trunfo para os arquivos X

A união de Scully e Doggett expôs imediatamente os elementos pouco profissionais da dinâmica entre Scully e Mulder. Por exemplo, Scully passou sete anos sem mesa, um fato que Mulder mal registrou, mesmo quando Scully apontou isso para ele. Em contraste, Doggett levou apenas alguns episódios para perguntar a Scully onde ela estava sentada.
Ao posicionar Scully como a principal crente da equipe no lugar de Mulder, a série também ilustrou como ambos os agentes provocaram traços mais conflituosos um do outro dentro de suas funções específicas. Scully e Doggett pareciam parceiros genuínos e, embora Doggett frequentemente cedesse ao julgamento de Scully, isso parecia resultar de sua própria vontade, em vez de ser imposto a Scully, que muitas vezes era deixada para administrar o constante desrespeito de Mulder pelo protocolo.
Em "Roadrunners", um dos primeiros episódios da 8ª temporada, Scully perseguiu impulsivamente uma pista sozinha, mantendo Doggett desinformado, apenas para mais tarde exigir sua intervenção para localizá-la e salvar sua vida. Isso refletia o padrão exato de conduta que Mulder exibiu repetidamente durante as primeiras sete temporadas de Arquivo X; entretanto, depois de cometer esse erro apenas uma vez, Scully pediu desculpas a Doggett e garantiu que não ocorreria novamente.
O respeito mútuo e o relacionamento profissional entre Scully e Doggett provaram ser muito mais benéficos para suas investigações do que a profunda intimidade pessoal que se desenvolveu entre Mulder e Scully.
Em relação à qualidade geral da série, os retornos ocasionais de Mulder nas temporadas 8 e 9 efetivamente deixaram de lado as narrativas de Doggett e Reyes, enquanto O arquivo x tentava espremer o enredo de uma temporada inteira nos momentos limitados que Mulder estava na tela. Essa questão tornou-se especialmente aparente nas temporadas de revival, que desconsideraram em grande parte a base sólida que o programa havia estabelecido com seus protagonistas mais recentes.
Doggett está totalmente ausente das temporadas 10 e 11 de Arquivo X, e Reyes é reduzida a uma breve participação especial em que ela é obrigada a se aliar ao Homem Fumante - um enredo que mina sua força estabelecida e seu núcleo moral. Em vez disso, a série celebrou o regresso a tempo inteiro de David Duchovny, embora, depois de uma separação tão longa, a sua presença já não tivesse o mesmo peso que antes tinha em Ficheiro X.