Mulder et Scully ont atteint ensemble un niveau de renommée durable comparable à celui des X‑Files eux-mêmes. Leur alchimie a donné naissance à l’un des drames procéduraux les plus percutants de la télévision, déclenchant un dialogue entre la foi et la science que des séries ultérieures telles que Lost et The Leftovers perpétueront.
Surtout, le portrait de Mulder par David Duchovny a servi de colonne vertébrale à la série ; sa quête inébranlable de la « vérité » a non seulement donné naissance aux X-Files, mais a également soutenu l’unité au milieu du doute généralisé du FBI. À la fin de la septième saison, il semblait inextricablement lié aux X‑Files.
À partir de la huitième saison, Duchovny s'est progressivement retiré de la série, permettant au succès de se poursuivre en son absence. Remarquablement, The X‑Files n’entre pas dans la catégorie des programmes qui s’effondrent sans leur leadership. Scully de Gillian Anderson a prospéré de manière indépendante et la série a ajouté deux nouveaux visages, démontrant encore une fois que les X-Files pourraient perdurer sans Mulder.
Cela ne veut pas dire que les saisons suivantes ont été impeccables. Les complications provenaient du fait que Duchovny et Mulder n'avaient pas complètement rompu leurs liens avec la série. Même si ses apparitions diminuaient au cours de la saison neuf, l’ombre de Mulder persistait sur le récit, empêchant le nouvel ensemble de s’établir pleinement.
Les X‑Files ont prospéré sous la direction de Doggett et Reyes

Alors que le réseau de conspirations entourant Mulder et Scully devenait de plus en plus enchevêtré et périlleux, la pierre angulaire de leur partenariat était leur confiance inébranlable l'un envers l'autre. Construire ce même niveau de confiance avec un nouveau venu est devenu le principal obstacle pour JohnDoggett, qui est devenu le partenaire de Scully après la disparition de Mulder à la fin de la saison 7.
Doggett a non seulement gagné sa place d'allié fiable, mais il a également révélé une facette nouvelle et convaincante de Scully. Même s’il faisait entièrement confiance à son jugement et suivait souvent son instinct, il avait à plusieurs reprises du mal à saisir les aspects surnaturels de leurs enquêtes. Cela a forcé Scully à adopter une position « à la Mulder », défendant les explications les plus irrationnelles.
En inversant le rôle habituel de Scully, TheX‑Files a conservé son délicat mélange de doute et de croyance sans simplement insérer une copie de Mulder. Au moment où Mulder et Doggett se sont finalement croisés, Scully pouvait véritablement affirmer : « L'agent Doggett est irréprochable.
Bien que le rôle de Scully se soit transformé en un rôle consultatif inexpliqué pour Doggett et sa nouvelle coéquipière, Monica Reyes, la série a démontré sa capacité à restructurer entièrement le duo de base de *The X-Files* tout en préservant l'esprit essentiel du programme.
Doggett et Reyes partageaient une base comparable de confiance mutuelle, mais ils possédaient un passé commun plus étendu que Mulder et Scully, ce qui rendait leur présence continue tout aussi vitale que le couple initial de *The X-Files*. De plus, Reyes a introduit un nouvel angle sur le surnaturel, garantissant que la série reste dynamique à la veille de la dernière saison de la série originale.
Reyes a évité une approche binaire dans leurs enquêtes. Elle a traité chaque cas au fur et à mesure qu'il se présentait, en s'appuyant sur des preuves et son instinct, qui indiquaient parfois une cause paranormale et d'autres fois non. Sa réceptivité a contraint Doggett à élargir ses propres perspectives, et leur collaboration sur les X-Files était une quête sans ego, sans agenda personnel ou sans besoin de prouver quelque chose.
Sur le plan personnel, Scully s'est parfaitement intégré à leur alchimie, créant un trio qui a remarquablement bien fonctionné. Cette version de *The X-Files* avait le potentiel de continuer pendant de nombreuses saisons supplémentaires, sans les retours intermittents de Mulder qui ont perturbé leur élan et ont nécessité une résolution rapide du « mytharc » central de la série.
Mulder n'a pas toujours été un atout pour X-Files

Le couple Scully et Doggett a immédiatement révélé les éléments non professionnels de la dynamique entre Scully et Mulder. Par exemple, Scully a passé sept ans sans bureau, un fait que Mulder a à peine remarqué même lorsque Scully le lui a fait remarquer. En revanche, il n’a fallu que quelques épisodes à Doggett pour demander à Scully où elle était assise.
En positionnant Scully comme le principal partisan de l’équipe à la place de Mulder, la série a également illustré comment les deux agents se provoquaient mutuellement leurs traits les plus conflictuels dans leurs rôles spécifiques. Scully et Doggett apparaissaient comme de véritables partenaires, et même si Doggett cédait fréquemment au jugement de Scully, cela semblait provenir de sa propre volonté plutôt que d'être imposé à Scully, qui était souvent laissé gérer le mépris constant de Mulder pour le protocole.
Dans « Roadrunners », un premier épisode de la saison 8, Scully a impulsivement poursuivi une piste seule, gardant Doggett au courant, pour ensuite exiger son intervention pour la localiser et lui sauver la vie. Cela reflétait le modèle exact de conduite que Mulder a affiché à plusieurs reprises au cours des sept premières saisons de The X-Files ; cependant, après avoir commis cette erreur une seule fois, Scully s'est excusé auprès de Doggett et a garanti qu'elle ne se reproduirait pas.
Le respect mutuel et les relations professionnelles entre Scully et Doggett se sont révélés bien plus bénéfiques à leurs enquêtes que la profonde intimité personnelle qui s'est développée entre Mulder et Scully.
Concernant la qualité globale de la série, les retours occasionnels de Mulder au cours des saisons 8 et 9 ont effectivement mis de côté les récits de Doggett et Reyes, alors que X-Files tentait d'insérer l'histoire d'une saison complète dans les moments limités où Mulder était à l'écran. Ce problème est devenu particulièrement évident au cours des saisons de renaissance, qui ont largement ignoré les bases solides que la série avait posées avec ses nouveaux protagonistes.
Doggett est totalement absente des saisons 10 et 11 de X‑Files, et Reyes est réduite à une brève apparition dans laquelle elle est obligée de s'allier avec l'homme qui fume la cigarette - un scénario qui sape sa force et son noyau moral établis. La série a plutôt célébré le retour à plein temps de David Duchovny, même si, après une si longue séparation, sa présence n’a plus le même poids qu’elle avait autrefois pour The X‑Files.